12 i 13 lipca 1943 niemiecka żandarmeria zamordowała w bestialski sposób 204 osoby. Ofiary były rozstrzeliwane a część spalono żywcem w stodole. Mord popełniony ma mieszkańcach Michniowa był prawdopodobnie odwetem za pomoc udzielaną oddziałom partyzanckim A.K. dowodzonym przez por. Jana Piwnika ps. „Ponury”, które w tym czasie przebywały na pobliskim Wykusie. Na wieść o pacyfikacji Michniowa oddziały z Wykusu ruszyły na pomoc. Przybyły jednak za późno. W odwecie nocą 12/13 lipca zgrupowanie „Ponurego” zaatakowało na trasie kolejowej Warszawa-Kraków w pobliżu Podłazia niemiecki pociąg pośpieszny. W wagonach przeznaczonych dla Niemców zginęło kilkanaście osób. Niemcy 13 lipca ponownie spacyfikowali Michniów zabijając wszystkich mieszkańców, gównie kobiety, dzieci starcy. Mężczyzn rozstrzelano poprzedniego dnia. Ocaleli ci, którzy uciekli ze wsi po pierwszej pacyfikacji lub po nocnym ataku partyzantów na niemiecki pociąg . Wśród ofiar pacyfikacji znalazło się 102 mężczyzn, 54 kobiety i 48 dzieci. Michniów stał się symbolem martyrologi wsi polskich spacyfikowanych przez niemieckiego okupanta w czasie II wojny światowej.
Obecnie istnieje w w Michniowie Mauzoleum Martyrologii Wsi Polskich, którego celem jest dokumentowanie i upamiętnianie wszystkich pacyfikacji. Na terenie Mauzoleum otwarte zostało tzw. Sanktuarium Męczeńskich Wsi Polskich, gdzie umieszczane są krzyże symbolizujące polskie wsie spacyfikowane przez Niemców w latach 1939-1945[ (jest ich obecnie kilkaset). Na terenie sanktuarium odsłonięto również pomnik „Pożoga Wołynia”, upamiętniający polskie wsie wymordowane na Wołyniu przez ukraińskich nacjonalistów.
